История Контрольно-счётной палаты городского округа город Уфа Республики Башкортостан началась в ноябре 2011 года, когда по инициативе депутатов Совета городского округа город Уфа Республики Башкортостан решением Совета городского округа город Уфа Республики Башкортостан № 42/7 в его составе образован контрольно-счетный орган Ревизионная комиссия городского округа город Уфа Республики Башкортостан. На должность председателя контрольно-счетного органа Ревизионной комиссии городского округа город Уфа Республики Башкортостан назначена Порсева Олия Валеевна.
Решением Совета городского округа город Уфа Республики Башкортостан от 21 ноября 2018 года № 33/2 на должность председателя контрольно-счетного органа Ревизионной комиссии городского округа город Уфа Республики Башкортостан назначена Савиных Наталья Радиковна.
В ноябре 2020 года Совет городского округа город Уфа Республики Башкортостан принял решение о переименовании контрольно-счетного органа Ревизионная комиссия городского округа город Уфа Республики Башкортостан в Контрольно-счётную палату городcкого округа город Уфа Республики Башкортостан.
В феврале 2022 года Советом городского округа город Уфа Республики Башкортостан принято решение № 9/6 «О Контрольно-счетной палате городского округа город Уфа Республики Башкортостан», в соответствии с которым Контрольно-счётная палата городского округа город Уфа Республики Башкортостан наделена правами юридического лица, утверждено ее положение и штатная численность.
В марте 2022 года решением Совета городского округа город Уфа Республики Башкортостан № 12/4 Савиных Наталья Радиковна назначена на должность председателя Контрольно-счётной палаты городского округа город Уфа Республики Башкортостан.
В апреле 2022 года Контрольно-счётная палата городского округа город Уфа Республики Башкортостан приобрела статут юридического лица.
Контрольно-счётная палата городского округа город Уфа Республики Башкортостан осуществляет свои полномочия в соответствии с Федеральным законом от 7 февраля 2011 года № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации, федеральных территорий и муниципальных образований», Уставом города Уфы, Положением о Контрольно-счётной палате городского округа город Уфа Республики Башкортостан.
Предметом и целью деятельности КСП Уфы является: осуществление контроля за исполнением бюджета городского округа город Уфа Республики Башкортостан, соблюдением установленного порядка подготовки и рассмотрения проекта бюджета, отчета о его исполнении; контроль за соблюдением порядка управления и распоряжения имуществом, находящимся в муниципальной собственности и реализация других полномочий, определенных Федеральным законом от 7 февраля 2011 года № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации, федеральных территорий и муниципальных образований».
Задача Контрольно-счётной палаты городского округа город Уфа Республики Башкортостан состоит в том, чтобы специфическими аудиторскими методами осуществлять анализ финансово-экономической ситуации, отслеживать движение бюджетных средств, отдачи от их вложения в экономические и социальные проекты, оценивать конечный результат, предлагать пути и решения выявленных проблем.
В работе Контрольно-счётной палаты городского округа город Уфа Республики Башкортостан на современном этапе приоритетным направлением является совершенствование системы государственного (муниципального) контроля и осуществление мониторинга трех последовательных этапов: планирования, утверждения и исполнения бюджетов. Эффективность деятельности Контрольно-счётной палаты городского округа город Уфа Республики Башкортостан во многом достигается за счет взаимодействия с Советом городского округа город Уфа Республики Башкортостан.